Không truy xuất được hóa đơn: Doanh nghiệp cần thận trọng để tránh phạm luật

Trong quá trình sản xuất, kinh doanh, quản lý và lưu trữ hóa đơn là nghĩa vụ bắt buộc đối với mọi doanh nghiệp. Tuy nhiên, trên thực tế, nhiều cơ sở kinh doanh vẫn gặp tình trạng thất lạc hóa đơn điện tử, không truy xuất được dữ liệu do thay đổi phần mềm, nhân sự kế toán hoặc hóa đơn giấy bị ẩm mốc, phai mực trong quá trình lưu trữ. Những sai sót này không chỉ gây khó khăn cho công tác quyết toán thuế mà còn tiềm ẩn nguy cơ bị xử phạt hành chính với mức phạt không nhỏ.

Tình huống pháp luật

Sau 3 năm hoạt động, H.E Boutique tiến hành rà soát chứng từ phục vụ quyết toán thuế thì phát hiện nhiều hóa đơn điện tử của năm 2023, bao gồm cả hóa đơn đầu ra và đầu vào, không thể truy xuất dữ liệu. Nguyên nhân được xác định là do thay đổi kế toán và chuyển đổi phần mềm bán hàng. Bên cạnh đó, một số hóa đơn giấy của các đợt nhập hàng trước đây bị ẩm mốc, phai mực, không còn đọc được nội dung.

Doanh nghiệp vô cùng lo lắng, băn khoăn, với tình huống trên, doanh nghiệp có bị coi là vi phạm hay không? Mức phạt cụ thể được áp dụng như thế nào? Hóa đơn giấy bị hỏng, mờ chữ và mất hóa đơn điện tử phải xử lý ra sao để tránh bị xử phạt nặng?

Luật sư tư vấn

Với tình huống trên, Luật sư Phạm Nhật Tuệ - Công ty Luật TNHH Hưng Thịnh Việt Nam cho biết: Việc không thể truy xuất được nhiều hóa đơn điện tử và việc một số hóa đơn giấy bị phai mờ, hư hỏng nội dung có thể bị xem là hành vi vi phạm pháp luật về thuế và hóa đơn.

Cụ thể, đối với việc không thể truy xuất được nhiều hóa đơn điện tử, doanh nghiệp có thể bị xử phạt liên quan đến hành vi vi phạm quy định về chuyển dữ liệu hóa đơn điện tử theo Điều 30 Nghị định 125/2020/NĐ-CP quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế, hóa đơn. Đối với hóa đơn giấy bị phai mờ, hư hỏng nội dung, doanh nghiệp có thể bị xử phạt liên quan đến hành vi làm mất, cháy, hỏng hóa đơn theo Điều 26 Nghị định 125/2020/NĐ-CP và Nghị định 310/2025/NĐ-CP sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 125/2020/NĐ-CP.

Đối với hóa đơn giấy: Pháp luật hiện hành quy định cụ thể trách nhiệm và trình tự xử lý đối với từng trường hợp mất, cháy, hỏng hóa đơn giấy nhằm bảo đảm quyền kê khai, khấu trừ thuế của doanh nghiệp.

Trường hợp bên bán làm mất hóa đơn, dù là liên 1 (liên lưu), liên 2 (liên giao khách hàng) hay liên 3 (liên nội bộ), đều phải lập báo cáo mất, cháy, hỏng hóa đơn theo mẫu BC21/AC và gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn không quá 05 ngày kể từ ngày xảy ra việc mất hóa đơn, theo Điều 24 Thông tư 39/2014/TT-BTC.

Riêng trường hợp bên bán làm mất hóa đơn liên 2 đã lập nhưng khách hàng chưa nhận được, bên bán phải thông báo cơ quan thuế và lập biên bản với bên mua ghi nhận sự việc. Biên bản phải nêu rõ liên 1 của hóa đơn đã được kê khai, nộp thuế trong tháng nào, có chữ ký của người đại diện theo pháp luật (hoặc người được ủy quyền) và đóng dấu (nếu có). Bên bán sao chụp liên 1 hóa đơn, ký xác nhận, đóng dấu giao cho bên mua để làm chứng từ kế toán và kê khai thuế.

Trường hợp bên bán làm mất hóa đơn đầu ra là liên 1 hoặc liên 3, bên bán vẫn phải thực hiện báo cáo mất, cháy, hỏng hóa đơn theo mẫu BC21/AC gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp trong thời hạn 5 ngày.

Đối với trường hợp người mua làm mất hóa đơn đầu vào liên 2, người mua phải lập báo cáo BC21/AC gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp, đồng thời phối hợp với bên bán lập biên bản ghi nhận sự việc. Bên bán sao chụp liên 1 hóa đơn, ký xác nhận và đóng dấu giao cho bên mua. Người mua được sử dụng bản sao hóa đơn kèm biên bản để hạch toán chi phí, kê khai và khấu trừ thuế theo quy định.

Trường hợp hóa đơn giấy bị hỏng, mờ chữ do ẩm mốc, phai mực trong quá trình lưu trữ khiến nội dung hoặc giá trị tiền không đọc được, việc xử lý thực hiện theo Khoản 2 Điều 24 Thông tư 39/2014/TT-BTC và hướng dẫn tại Công văn số 7432/CTHN-TTHT ngày 12/3/2021 của Cục Thuế TP.Hà Nội. Theo đó, bên bán và bên mua lập biên bản ghi nhận sự việc, nêu rõ liên 1 đã được kê khai thuế trong tháng nào; Bên bán sao chụp liên 1 hóa đơn, ký xác nhận, đóng dấu để giao bên mua làm chứng từ kế toán. Hai bên chịu trách nhiệm về tính chính xác của nội dung kê khai.

Đối với hóa đơn điện tử: Trường hợp doanh nghiệp làm mất hóa đơn điện tử đã lập, doanh nghiệp cần kiểm tra lại dữ liệu trên phần mềm hóa đơn điện tử, email hoặc hệ thống sao lưu và liên hệ nhà cung cấp dịch vụ để khôi phục. Nếu không thể khôi phục, doanh nghiệp phải thông báo bằng văn bản đến cơ quan thuế quản lý trong vòng 2 ngày làm việc kể từ khi phát hiện. Với hóa đơn đã gửi cho khách hàng, doanh nghiệp có thể đề nghị khách hàng cung cấp lại bản đã nhận.

Trường hợp khách hàng làm mất hóa đơn điện tử, khách hàng gửi văn bản đề nghị cấp lại hóa đơn cho bên bán. Doanh nghiệp lập lại hóa đơn điện tử từ hệ thống lưu trữ với cùng số, ngày tháng và nội dung như hóa đơn gốc; Hóa đơn cấp lại không phải báo cáo cơ quan thuế và không ảnh hưởng đến nghĩa vụ kê khai thuế.

Trường hợp hóa đơn điện tử bị mất do lỗi của cơ quan thuế, doanh nghiệp cần gửi công văn đề nghị kiểm tra lại dữ liệu và có thể truy xuất hóa đơn từ hệ thống của nhà cung cấp dịch vụ hoặc từ email khách hàng.

Qua trường hợp của H.E Boutique có thể thấy, việc quản lý hóa đơn, dù là giấy hay điện tử, đòi hỏi doanh nghiệp phải thực hiện nghiêm túc, đúng quy trình và đúng thời hạn. Chỉ cần chậm báo cáo hoặc thiếu biên bản xác nhận, doanh nghiệp có thể đối mặt với mức xử phạt từ vài triệu đến hàng chục triệu đồng, thậm chí bị loại chi phí khi quyết toán thuế. Vì vậy, doanh nghiệp cần chủ động rà soát, sao lưu dữ liệu hóa đơn điện tử, bảo quản hóa đơn giấy đúng điều kiện và duy trì bộ máy kế toán ổn định để hạn chế rủi ro pháp lý không đáng có.