Theo đó, bị cáo Lê Công Chí (SN 1975, ngụ phường An Hải Bắc, quận Sơn Trà), thuyền trưởng tàu Thảo Vân 2 bị tuyên 8 năm tù về tội Vi phạm quy định về điều khiển phương tiện giao thông đường thủy.
Bị cáo Võ Quốc Hùng (SN 1972, ngụ phường Hải Châu 1, quận Hải Châu), chủ tàu Thảo Vân 2 bị tuyên 10 năm tù và bị cáo Nguyễn Ngọc Quân (SN 1981, ngụ 126 Trần Phú, quận Hải Châu), người trực tiếp bán vé, hướng dẫn và giới thiệu khách lên tàu 7 năm tù cùng tội Sử dụng phương tiện giao thông đường thủy không đảm bảo an toàn.
Bị cáo Lê Sáu (SN 1975, ngụ phường Thanh Bình, quận Hải Châu), nguyên giám đốc Cảng vụ Đà Nẵng, 3 năm 6 tháng tù về tội Thiếu trách nhiệm gây hậu quả nghiêm trọng.
Bị cáo Lê Sáu tại phiên tòa. Theo cáo trạng, tuy không có giấy phép hoạt động, không được cấp lệnh xuất bến, nhưng suốt 18 tháng, từ tháng 12/2014 đến ngày 4/6/2016, tàu Thảo Vân 2 neo đậu trái phép suốt ngày tại đầu cầu Cảng sông Hàn thuộc sự quản lý, kiểm tra của Cảng vụ đường thủy nội địa Đà Nẵng và ban đêm đón, chở khách tham quan sông Hàn.
Tối ngày 4/6/2016, tàu Thảo Vân 2 chở gấp đôi lượng khách, xuất bến được 10 phút thì lật úp trên sông Hàn làm 3 hành khách thiệt mạng.Vụ việc gây thiệt hại theo nạn nhân trình báo mất tiền mặt và tài sản hơn 650 triệu đồng (cơ quan chức năng định giá thiệt hại gần 572 triệu đồng).
Trong phiên xét xử, ông Sáu cho rằng lỗi so Sở Giao thông vận tải Đà Nẵng, Thanh tra Sở Giao thông vận tải Đà Nẵng, Biên phòng và Cảnh sát đường thủy đã để tàu Thảo Vân 2 chở du khách trái phép suốt 18 tháng.Bị cáo Sáu khai đã hoàn thành nhiệm vụ tập hợp, báo cáo về tàu Thảo Vân 2 chạy chui cho Phó giám đốc Sở Giao thông vận tải phụ trách và các đơn vị liên quan để xử lý, vì Cảng vụ không có quyền tạm giữ phương tiện và xử phạt.
Tuy nhiên, Viện KSND chứng minh tối 4/6/2016, đêm xảy ra tai nạn thuộc ca trực của ông Sáu nhưng ông Sáu không có mặt tại Cảng sông Hàn, lại phân công 3 nhân viên trực đều là người mới tập sự, thử việc, không có kinh nghiệm xử lý, để tàu Thảo Vân 2 xuất bến. Ông Sáu cũng khai đêm đó có trực lãnh đạo nhưng có về nhà chăm sóc cha bị ốm. Việc tắc trách của ông Sáu này dẫn đến sư cố thương tâm nêu trên.