Tháng 6/2015, Công ty CP Bóng đá Thanh Hóa đã thực hiện thủ tục bàn giao nguyên trạng Câu lạc bộ (CLB) Bóng đá Thanh Hóa (gồm cán bộ, công nhân viên, người lao động, HLV, cầu thủ đội 1, các đội bóng trẻ trực thuộc Câu lạc bộ, Ban huấn luyện các đội bóng cũng như toàn bộ tài sản, cơ sở vật chất, Trung tâm đào tạo bóng đá trẻ, sân vận động...) cho Tập đoàn FLC. Từ thời điểm này, câu lạc bộ đổi tên thành FLC Thanh Hóa.
Sau hơn 3 năm đầu tư, FLC Thanh Hóa là đào tạo những tuyển thủ có tài năng như Bùi Tiến Dũng, Trọng Hoàng và Lục Xuân Hưng.Tuy nhiên mới đây trong buổi họp mặt báo chí liên quan tới hãng hàng không Bamboo, chủ tịch tập đoàn FLC Trịnh Văn Quyết bất ngờ tiết lộ lý do vì sao tập đoàn này dừng đầu tư vào bóng đá. Sau đây là chia sẻ của vị tỷ phú này:
"Không phải chúng tôi muốn giúp hay không muốn giúp mà chúng tôi thấy rằng sân chơi V-league này trong 4 năm qua tài trợ cho đội tuyển bóng đá tỉnh Thanh Hóa chúng tôi gặp rất nhiều khó khăn, rất nhiều điều tiếng từ bóng đá mà ra.
Xin báo cáo với các đồng chí trước khi tiếp quản đội bóng này, đội bóng này có nợ lương công nhân. Lương công nhân thời điểm đấy thậm chí chỉ 1 triệu. Lương công nhân cắt cỏ tầm 2 đến 3 triệu nhưng nợ lương nhiều tháng. Sau khi chúng tôi tiếp quản, hệ thống sân bãi đã được đầu tư vài tỷ, lương công nhân và lương cầu thủ đã được cải thiện so với ngày trước rất nhiều. Tất cả từ đội trẻ đến đội tuyển câu lạc bộ bóng đá Thanh Hóa được trang bị rất đầy đủ so với những năm trước đây rất nhiều lần.
Mỗi năm chúng tôi tiêu tốn xấp xỉ 120 tỷ đồng. Tất cả những thứ này đều là số liệu công khai nhưng có nhiều thứ bất cập ngoài 120 tỷ còn thuế chồng thuế cho các cầu thủ. Chúng tôi tài trợ nhưng phải đóng tất cả các loại thuế như thuế thu nhập các cầu thủ. Để tháo gỡ cái này tỉnh Thanh Hóa cũng không có cơ sở để tháo gỡ. Đây là chính sách thuế. Liên quan tài trợ rồi chúng tôi tiếp tục đóng thuế nhà tài trợ nữa là những điều rất bất cập.
Bất cập thứ 2 là có đầu tư bao nhiêu đi chăng nữa, có đá thế nào cũng khó mà vô địch (ông Quyết đề cập đến tiêu cực trong bóng đá). FLC chỉ có 1 đội bóng này, chúng tôi đã cố gắng hết sức, thành tích của đội FLC Thanh Hóa mấy năm gần đây hơn hẳn mấy chục năm qua. Thậm chí chưa bao giờ có những thành tích cao, đặc biệt như năm vừa rồi kể cả năm ngoái.
Chúng tôi nói ra để thấy có cố gắng bao nhiêu đi chăng nữa với cách điều hành như hiện nay chúng tôi không hy vọng sẽ vô địch. Mà không vô địch thì tôi thấy bà con, cổ động viên cũng buồn, nhì cũng không vui, không thích. Mà những thành tích tốt nhất rồi mà người hâm mộ vẫn không thỏa mãn và như thế thì chúng tôi đổ công đổ sức không mang lại gì mà thậm chí danh tiếng của chúng tôi còn bị một số chính người bản địa cho rằng "Nhận đội bóng là được ưu ái của chính sách" nhưng thực tế không có gì ưu ái.
Tất cả những gì FLC đầu tư vào tỉnh Thanh Hóa đều là những gì địa phương gọi làm thì chúng tôi làm. Vì chúng tôi là nhà đầu tư lớn vào đây nên tỉnh cũng muốn hỗ trợ tỉnh, chúng tôi cũng sẵn lòng nhưng đáp lại chúng tôi cũng không có được hưởng lợi gì. Các anh hoàn toàn có thể hỏi các lãnh đạo tỉnh, sở ban ngành, ưu đãi gì cũng đều có luật.
Thời điểm này chúng tôi thấy cần có động thái quyết liệt trong việc xin tạm dừng và bàn giao lại cho tỉnh, cụ thể là Sở văn hóa và thông tin. Bởi vì nếu mình làm việc gì đấy mặc dù công ích nhưng cũng phải được ghi nhận. Nhưng một số thành phần thậm chí còn nói trước các diễn đàn, điều này không phù hợp với văn hoá FLC. Chúng tôi xin chấm dứt để bảo vệ thương hiệu của chúng tôi. Chúng tôi không thể để thương hiệu của chúng tôi bị bôi bẩn...".