Nhận diện vấn đề hoàn thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập cá nhân

Thực trạng hoàn thuế giá trị gia tăng

Thực tế, trong nhiều năm qua, ngành Thuế đã có nhiều cải tiến về quy trình thủ tục hoàn thuế cho cá nhân và doanh nghiệp (DN). Nhưng vẫn còn những lá đơn kêu cứu từ DN về hoàn thuế GTGT, những lá thư, câu hỏi về hoàn thuế TNCN kéo dài hàng năm…

Ông Trương Văn Bắc - Giám đốc Công ty TNHH Đầu tư cao su Việt Nam đã nhiều lần làm đơn đến các cơ quan chức năng cũng như các cơ quan báo chí để kêu cứu về việc hoàn thuế GTGT cho DN của mình. Những lá đơn của ông đã được đăng tải trên báo chí liên tục từ năm 2024 đến nay. Mới đây nhất, đầu tháng 5/2025, ông tiếp tục kêu cứu đến các cơ quan truyền thông với nội dung công ty của ông đã bị chậm hoàn thuế khoảng 2 năm nay, với số tiền lên tới khoảng 44 tỷ đồng.

Cụ thể, theo ông Bắc, sau khi lá đơn kêu cứu của ông được đăng tải trên truyền thông và sau nhiều lần đề nghị trì hoãn (để có thời gian tra soát hồ sơ trước khi nộp chính thức), đến ngày 28/10/2024, cơ quan thuế quận Phú Nhuận (TP.Hồ Chí Minh) đã chấp thuận cho công ty nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của kỳ hoàn thuế tháng 12/2021 đến tháng 6/2024.

Đến cuối tháng 11/2024, cơ quan thuế ban hành quyết định kiểm tra và cuối tháng 12 có biên bản kiểm tra số thuế 44 tỷ đồng. Nhưng đến cuối tháng 1/2025, công ty vẫn không nhận được phản hồi nên liên lạc cán bộ thuế phụ trách hồ sơ thì nhận được thông báo hồ sơ đã trình lên Cục Thuế TP.Hồ Chí Minh (nay là Chi cục Thuế khu vực 2). Công ty được yêu cầu giải trình bổ sung một số hồ sơ về giao dịch với các DN có cảnh báo trong danh sách rủi ro và chỉ xem xét số thuế có thể được hoàn theo tỷ lệ đã có hồi báo xác minh từ các cơ quan thuế quản lý đơn vị cung ứng hàng hóa đầu vào cho công ty.

Tình trạng tương tự cũng xảy ra với nhiều DN ở các ngành hàng như gỗ, sắn trong nhiều năm qua. Trong đó, cần phải kể đến việc các DN ngành gỗ cũng đã có giai đoạn “trường kỳ” gửi đơn kêu cứu, khiếu nại về hoàn thuế GTGT đến các cơ quan chức năng và báo chí.

Hoàn thuế GTGT vẫn là vấn đề nan giải

Để đánh giá mong muốn của DN về mức độ ưu tiên cải cách trong thời gian tới với các nhóm TTHC, các DN tham gia khảo sát được đề nghị lựa chọn tối đa 3 nhóm TTHC được cho là quan trọng trong hoạt động sản xuất, kinh doanh của mình mà cần đề xuất tiếp tục cải thiện. Trong số 6 nhóm TTHC được đưa ra, nhóm TTHC liên quan đến thuế đứng vị trí đầu tiên trong danh sách lựa chọn ưu tiên cải cách (chiếm 55,5%), tiếp sau đó mới đến nhóm TTHC liên quan đến đất đai, môi trường, xây dựng chiếm 47,9%.

Cũng theo báo cáo này, trong quá trình triển khai thực hiện khảo sát, các DN, Hiệp hội đã có những phản hồi tích cực và ghi nhận nỗ lực liên tục của cơ quan quản lý thuế trong thời gian qua nhằm hoàn thiện chính sách, nâng cao hiệu quả cung cấp, thực hiện TTHC về thuế. Đồng thời, Bộ Tài chính đã chủ động phối hợp với các đơn vị liên quan trong việc truyền thông chính sách, tiếp nhận và xử lý các vấn đề vướng mắc, hỗ trợ DN và người dân nắm bắt và tuân thủ kịp thời các quy định.

Tuy nhiên, trong thực tế, việc thực hiện thủ tục hành chính liên quan đến thuế vẫn còn gặp một số khó khăn. Trong đó, thủ tục hoàn thuế GTGT vẫn là một vấn đề nan giải đối với DN, đặc biệt là các DN xuất nhập khẩu. Nhiều DN cho biết họ phải đợi nhiều tháng mới được hoàn thuế, ảnh hưởng đến khả năng tái đầu tư và duy trì hoạt động kinh doanh. Một số DN cũng gặp rủi ro khi cơ quan thuế yêu cầu truy thu hoặc loại bỏ hóa đơn GTGT nếu đối tác phát hành hóa đơn bị giải thể hoặc ngừng hoạt động. Điều này khiến DN mất đi các khoản thuế đã chi trả hợp pháp, trong khi đây là trách nhiệm quản lý của cơ quan thuế đối với các đơn vị phát hành hóa đơn.

Ví dụ, các DN lĩnh vực xây dựng tại Bắc Giang cho biết, rủi ro trong việc hoàn thuế cao khi các DN hoạt động không đúng pháp luật làm cho DN làm đúng bị ảnh hưởng. Đây cũng là vấn đề mà DN lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản tại Bình Dương “kêu”. Theo DN này, thủ tục hoàn thuế ngày càng khó khăn. Hóa đơn được xuất từ các DN tạm dừng hoạt động hoặc dừng hoạt động bị cơ quan thuế nghi ngờ và yêu cầu loại, làm DN thất thoát các khoản thuế GTGT đã chi trả. Trong khi việc quản lý các DN làm ăn không đúng là của các cơ quan quản lý Nhà nước, nhưng lại bắt DN phải chịu trách nhiệm liên đới.

DN lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp và thủy sản tại TP. Hồ Chí Minh thông tin bị “giam” hoàn thuế GTGT từ trước Covid-19 đến nay; Mỗi lô mất 5% tiền vốn bị “giam” do chưa được hoàn thuế GTGT. DN lĩnh vực dệt may tại TP.Hồ Chí Minh cũng cho biết, DN nộp hồ sơ hoàn thuế GTGT 2 năm chưa được nên phải mất chi phí môi giới lên đến 3 - 5% để làm thủ tục.