Một số quỹ còn tồn từ nhiều năm lên tới cả chục tỷ đồng không còn nội dung chi nhưng chưa kịp thời nộp về ngân sách. Trong khi ấy, nhiều khoản hoàn thuế bị cho là không đúng đối tượng, không đáp ứng đủ điều kiện.
Đây là một số nội dung trong kết quả kiểm toán “Việc quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công năm 2017 tại Tổng cục Thuế và Chuyên đề công tác quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng tại Tổng cục Thuế và 19 tỉnh, thành phố” được Kiểm toán Nhà nước tiến hành trong năm 2018.
Nhiều quỹ tồn chưa kịp nộp ngân sách
Theo kết quả kiểm toán vừa được công bố, công tác quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công năm 2017 và công tác quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng cơ bản đã được Tổng cục Thuế và các đơn vị nghiêm túc thực hiện.
Tuy nhiên, bên cạnh những kết quả đã đạt được, công tác quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công và quản lý hoàn thuế giá trị gia tăng vẫn còn một số tồn tại, hạn chế.
Về quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công, báo cáo chỉ ra Tổng cục Thuế chưa ưu tiên lập đủ vốn cho 27 dự án đã hoàn thành đưa vào sử dụng trước 31/12/2016, dẫn đến trong năm phải phê duyệt bổ sung gần 36 tỷ đồng. Trong số này, có 6 dự án được phê duyệt quyết toán trước năm 2015 với số vốn còn nợ 2,7 tỷ đồng.
Kiểm toán Nhà nước đánh giá tỷ lệ giải ngân vốn xây dựng cơ bản tại Tổng cục Thuế đạt thấp. Hầu hết các chủ đầu tư không giải ngân hết kế hoạch, cá biệt có 26 chủ đầu tư giải ngân vốn dư năm 2016 dưới 50% và 7 chủ đầu tư giải ngân vốn năm 2017 dưới 50%.
Theo thống kê, nhiều dự án, công trình giải ngân thấp, thậm chí có 89 dự án không giải ngân, 19/30 dự án bố trí vốn thừa so với giá trị quyết toán nhưng vẫn kéo dài sang năm 2018 với số tiền gần 12,7 tỷ đồng.
Kết quả kiểm toán chi tiết 20 dự án cho thấy hầu hết các dự án, nội dung thuyết minh đầu tư và quyết định đầu tư chưa đầy đủ. Có 4 dự án phê duyệt hình thức quản lý dự án “Chủ đầu tư trực tiếp quản lý dự án” khi giám đốc ban quản lý không đủ điều kiện năng lực quản lý dự án.
Ngoài ra, có 9 dự án chậm tiến độ so với quyết định đầu tư, phải gia hạn. "Hầu hết các gói thầu đều chậm so với cam kết hợp đồng song các bên có liên quan chưa xác định rõ nguyên nhân và trách nhiệm để xử lý theo quy định," báo cáo nêu lên.
Đáng chú ý, kết quả kiểm toán cho thấy một số quỹ còn tồn từ nhiều năm trước như quỹ chống buôn lậu, gian lận thương mại, quỹ chống thất thu ngân sách,... đơn vị không sử dụng, không còn nội dung chi số tiền 44,5 tỷ đồng, song chưa kịp thời nộp ngân sách.
"Trong công tác quản lý, sử dụng tài sản, Tổng cục Thuế chưa có phương án xử lý kịp thời đối với tài sản dôi dư hoặc hỏng không sử dụng được. Công nợ cuối năm còn tồn đọng nhiều, có những khoản nợ kéo dài nhiều năm… chưa được giải quyết triệt để," Kiểm toán Nhà nước đánh giá.
Hoàn thuế khi chưa đủ cơ sở
Với công tác hoàn thuế giá trị gia tăng, theo đánh giá, một số cục thuế lập dự toán chưa sát thực tế địa bàn, dẫn đến số thực hiện hoàn trong năm đạt thấp hoặc cao hơn số lập.
Công tác thanh tra, kiểm tra sau hoàn thuế đối với các trường hợp có rủi ro cao phải thực hiện thanh tra, kiểm tra ngay trong thời hạn 1 năm sau hoàn thuế chưa được thực hiện đầy đủ theo quy định, thậm chí có cục thuế không thực hiện.
Báo cáo kiểm toán cũng chỉ rõ việc hoàn cho một số trường hợp không đúng đối tượng, không đáp ứng đủ điều kiện, hoàn cho những hóa đơn, chứng từ không hợp lệ, hoàn cho chi phí vượt định mức quy định.
Ngoài ra, cũng có tình trạng hoàn cho một số hồ sơ đề nghị hoàn khi chưa đủ cơ sở để xác nhận điều kiện hoàn thuế; hoàn cho dự án BT không hình thành tài sản của nhà đầu tư; hoàn vượt 10% doanh thu xuất khẩu trong kỳ... Tổng số tiền Kiểm toán Nhà nước phát hiện với những trường hợp trên là 1.396 tỷ đồng.
Kiểm toán Nhà nước cho hay công tác ban hành chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng còn chưa đồng bộ giữa luật, nghị định và thông tư hướng dẫn. Một số văn bản hướng dẫn chưa rõ ràng, dẫn tới nhiều cách hiểu khác nhau, thậm chí còn hướng dẫn chưa phù hợp với quy định.
Từ đó, Kiểm toán Nhà nước kiến nghị Tổng cục Thuế và các đơn vị có liên quan chấn chỉnh, kiểm điểm, xử lý trách nhiệm của tập thể, cá nhân có liên quan đối với những tồn tại, hạn chế trong công tác quản lý, sử dụng tài chính công, tài sản công và quản lý hoàn thuế.