Theo Sở Văn hóa và Thể thao TP.HCM, dự án này là một trong những công trình trọng điểm của ngành văn hóa được nêu trong nghị quyết Đại hội IX Đảng bộ thành phố, thuộc danh mục ưu tiên đầu tư giai đoạn 2011-2015 của quy hoạch tổng thể phát triển kinh tế - xã hội TP.HCM đã được Thủ tướng phê duyệt.
Tổng mức đầu tư dự kiến của dự án này là hơn 1.430 tỷ đồng từ nguồn ngân sách thành phố với quy mô diện tích 8ha.
Sở Văn hóa và Thể thao kiến nghị thường trực UBND TP.HCM chấp thuận địa điểm xây dựng bảo tàng TP.HCM tại khu 1 (Thời cổ đại) trong Khu công viên lịch sử - văn hóa dân tộc (Quận 9). Địa điểm này thay cho phương án xây Bảo tàng thành phố đặt tại khu đô thị Thủ Thiêm trước đó.
Cũng theo Sở Văn hóa và Thể thao, sau khi hoàn thành, bảo tàng sẽ có giá trị kết nối giáo dục truyền thống với tham quan, du lịch và giải trí.
Sở Văn hóa và Thể thao cũng kiến nghị được áp dụng một số cơ chế đặc thù, trong đó cho phép mời tư vấn quản lý dự án, tư vấn thiết kế, có thể mời tư vấn nước ngoài, đề xuất các phương án thiết kế kiến trúc để lựa chọn nhưng không tổ chức thi quốc tế.