Thanh tra Chính phủ đã nêu tên hàng loạt đơn vị kiểm toán có nhiều trong Kết luận thanh tra tại Bộ Giao thông vận tải gồm: Chi nhánh Công ty TNHH Kiểm toán và Tư vấn A&C tại Hà Nội, Công ty TNHH Kiểm toán Kresten ACA Việt Nam, Kiểm toán VVFC và Công ty Hợp danh Kiểm toán Việt Nam.
Đối với sai phạm của Chi nhánh Công ty TNHH Kiểm toán và Tư vấn A&C tại Hà Nội, Thanh tra Chính phủ chỉ rõ, trong công tác cổ phần hoá Tổng công ty Xây dựng Thăng Long, đơn vị tư vấn cổ phần hoá là Chi nhánh Công ty TNHH Kiểm toán và Tư vấn A&C tại Hà Nội bị nhắc tên.
Cụ thể, Thanh tra chỉ ra, quá trình cổ phần hoá chưa đưa đầy đủ giá thị trường 3 căn hộ tại địa chỉ 127B Đinh Tiên Hoàng vào giá trị doanh nghiệp; xác định giá trị đất tại số 4IF2 Thái Thịnh, quận Đống Đa thiếu 1,75 tỷ đồng và bán nhà ở gắn liền với đất theo hình thức chào cạnh tranh là chưa thực hiện đúng quy định. Cùng với đó, cơ sở nhà, đất tại địa chỉ số 72 Nguyễn Chí Thanh, phường Láng Thượng, quận Đống Đa, thành phố Hà Nội với tổng diện tích đất 645,2 m2 cho thuê một phần nhà đất là chưa đúng với phương án cổ phần hóa được duyệt.
Tổng Công ty xây dựng Thăng Long được Bộ GTVT phê duyệt quyết toán chi phí cố phần hóa tăng 230 triệu đồng so với dự toán được phê duyệt là chưa thực hiện đúng với quy định tại khoản 4 Điều 12 Thông tư số 196/2011/TT-BTC ngày 26/12/2011 của Bộ Tài chính.
Để xảy ra tồn tại nêu trên, Thanh tra Chính phủ đã nêu trách nhiệm thuộc về đơn vị tư vấn Chi nhánh công ty TNHH Kiểm toán và tư vấn A&C tại Hà Nội và các đơn vị liên quan.
Với sai phạm của Công ty TNHH Kiểm toán Kresten ACA Việt Nam, Thanh tra Chính phủ nêu rõ, trong quá trình cổ phần hoá tại công ty mẹ - Tổng công ty Xây dựng đường thuỷ, đơn vị tư vấn xác định giá trị doanh nghiệp là Công ty TNHH Kiểm toán Kresten ACA Việt Nam.
Cụ thể, khi lựa chọn tư vấn xác định giá trị doanh nghiệp, Bộ GTVT đề nghị chỉ định nhà thầu Công ty TNHH Kiểm toán Kresten ACA Việt Nam trước thời điểm Thủ tướng Chính phủ phê duyệt. Bên cạnh đó, chưa hoàn thành xử lý tồn đọng về tài chính trong hoạt động sản xuất kinh doanh trước cổ phần hóa gồm: gói thầu "Thi công nạo vét lần đầu các công trình biển" - Dự án Liên hợp Lọc hóa dầu Nghi Sơn, do Ban QLDA chưa thực hiện quyết toán và còn nợ Tổng công ty Xây dựng Đường thủy khoảng 36 tỷ đồng; tại gói thầu số 7 thuộc Dự án xây dựng đường cao tốc Bắc - Nam do Tổng công ty Đầu tư và Phát triển đường cao tốc Việt Nam làm chủ đầu tư, vẫn còn nợ chưa thanh toán số tiền khoảng 29 tỷ đồng.
Cùng với đó, xác định giá đất theo sổ sách kế toán mà không xác định giá đất theo giá thị trường để tính vào giá trị doanh nghiệp, đối với 2 cơ sở nhà đất tại Thành phố Hồ Chí Minh gồm: địa chỉ 470A Nguyễn Tất Thành, phường 18, Quận 4, diện tích 54,4 m2; địa chỉ 18E3 Chu Văn An, phường 26, quận Bình Thạnh, diện tích 235,5 m2 là chưa thực hiện đúng tiết b điểm 9.2 khoản 9 Điều 18 Thông tư số 202/2011/TT-BTC ngày 30/12/2011 của Bộ Tài chính và Điều 56 Luật Đất đai năm 2003.
Còn tại Công ty Tranco, khi xác định giá trị doanh nghiệp, đơn vị tư vấn VVFC xác định giá trị tài sản cố định của Công ty Tranco là tầng 12, 12A của tòa nhà 83A Lý Thường Kiệt, thành phố Hà Nội sử dụng nguyên giá theo sổ sách kế toán, nguyên giá theo chứng thư thẩm định giá ngày 14/5/2010 của Công ty cổ phần Định giá và Dịch vụ tài chính tại thời điểm tháng 5/2010 không cùng thời điểm xác định giá trị doanh nghiệp ngày 30/6/2014 là chưa thực hiện đúng quy định của Bộ Tài chính; xác định giá trị quyền sử dụng đất của cơ sở nhà đất 117 Đặng Tiến Đông, thành phố Hà Nội, với mục đích sử dụng là trụ sở làm việc là không đúng với mục đích sử dụng đất được UBND thành phố Hà Nội phê duyệt là đất ở và giá trị quyền sử dụng đất được lấy theo bảng giá đất nhưng chưa được UBND thành phố Hà Nội xác nhận theo giá thị trường tại thời điểm thấm định giá là chưa thực hiện đúng điểm a khoản 2 Điều 31 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011 của Chính phủ.
Với sai phạm tại Công ty Hợp danh Kiểm toán Việt Nam, Thanh tra Chính phủ nêu trách nhiệm trong cổ phần hoá Công ty Cổ phần Xuất nhập khẩu và Hợp tác Đầu tư GTVT. Cụ thể, xác định giá trị Lô đất tại số 36 đường Bạch Đằng, phường 2, quận Tân Bình, Thành phố Hồ Chí Minh theo giá thị trường do tư vấn xác định nhưng chưa có ý kiến của UBND Thành phố Hồ Chí Minh là chưa thực hiện đúng với quy định tại Điều 31 Nghị định số 59/2011/NĐ-CP ngày 18/7/2011 của Chính phủ. Cùng với đó là chưa phối hợp với UBND tỉnh Khánh Hòa xử lý dứt điểm khu đất tại mỏ đá Cửu Lợi 3, xã Cam Hòa, huyện Cam Lâm, tỉnh Khánh Hòa với diện tích 70.000 m' để được UBND tỉnh Khánh Hòa ký gia hạn hợp đồng, chưa có phương án sử dụng đất theo Quyết định số 09/2007/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ.