Theo báo cáo, tại ngày 31/12/2017, tổng giá trị đầu tư bằng nguồn của SCIC là hơn 40.199 tỷ đồng. Trong số này, đầu tư ngắn hạn là 26.714 tỷ đồng, chiếm 66,5% tổng giá trị đầu tư, đầu tư dài hạn là 13.485 tỷ đồng chiếm 33,5% tổng giá trị đầu tư.
Vấn đề được nêu lên là cơ cấu danh mục đầu tư của SCIC chưa hợp lý, chủ yếu là hoạt động gửi tiền có kỳ hạn. Theo đó, tiền gửi có kỳ hạn của SCIC là hơn 18.703 tỷ đồng, chiếm tới 70% tổng mức đầu tư ngắn hạn.
Trong khi ấy, lợi ích của SCIC thu được chủ yếu từ cổ tức của một số ít doanh nghiệp SCIC nhận bàn giao như Vinamilk, FTel hay Vinaconex. Còn lại, tỷ suất lợi nhuận của các đơn vị khác đều thấp.
Thậm chí, có tới 61/122 doanh nghiệp không có lợi nhuận, cổ tức được chia trong năm 2017 (tương ứng với số vốn đầu tư SCIC đang quản lý là 1.593 tỷ đồng).
Nguyên nhân do trong năm 2017 một số doanh nghiệp kinh doanh thua lỗ (29/60 đơn vị), một số doanh nghiệp có lãi nhưng thấp nên doanh nghiệp không chia cổ tức (9/60 đơn vị), doanh nghiệp bị thu hồi đăng ký kinh doanh (2/60 đơn vị) hoặc tỷ lệ vốn của SCIC thấp nên không quyết định được việc chia cổ tức (17/60 đơn vị).
Theo Kiểm toán Nhà nước, cơ cấu danh mục đầu tư của SCIC chưa hợp lý, chủ yếu là hoạt động gửi tiền có kỳ hạn. Phía Kiểm toán Nhà nước cho rằng, các khoản SCIC tự đầu tư hiệu quả thấp, tỷ suất sinh lời năm 2017 là 6,4% trên giá trị vốn đầu tư. Nhiều khoản đầu tư của SCIC bị đánh giá là hiệu quả thấp hoặc không có hiệu quả.
Ví dụ: SCIC góp vốn vào Công ty cổ phần Nhiệt điện Hải Phòng với tổng giá trị đầu tư là 489 tỷ đồng từ năm 2009. Tuy nhiên, cổ tức SCIC đã nhận được từ năm 2013-2017 chỉ là 135 tỷ đồng.
SCIC góp vốn vào Công ty cổ phần Nhiệt điện Quảng Ninh với tổng giá trị đầu tư là trên 571 tỷ đồng từ năm 2009. Tuy nhiên, từ thời điểm đầu tư đến nay SCIC mới nhận được cổ tức với mức 5% tương đương với 25,7 tỷ đồng.
Nguyên nhân theo báo cáo của SCIC chủ yếu là do các dự án thi công chậm tiến độ, điều chỉnh tổng mức đầu tư tăng, khi đi vào hoạt động gặp sự cố kỹ thuật nhiều.
Tại 2 công ty nhiệt điện này, SCIC đã triển khai việc bán vốn nhưng không có nhà đầu tư quan tâm và đăng ký tham gia mua cổ phần.
Đáng chú ý, theo Kiểm toán Nhà nước, SCIC đầu tư, góp vốn mua cổ phần của một số công ty kinh doanh bất động sản. Nhưng, các doanh nghiệp này chậm triển khai trong thời gian dài dẫn tới số tiền đầu tư của SCIC bị tồn đọng nhiều năm, gây lãng phí vốn.
Đơn cử là SCIC đã đầu tư hơn 110 tỷ đồng từ năm 2008 để triển khai dự án xây dựng cao ốc, văn phòng, căn hộ tại khu đất số 6 Thăng Long, phường 4, quận Tân Bình, Thành phố Hồ Chí Minh. Đây là dự án của Công ty cổ phần Đầu tư và Dịch vụ Thăng Long. Tới nay, dự án chưa triển khai.
SCIC cũng góp 199 tỷ đồng từ năm 2007 đến nay, để hợp tác với Bảo Việt Nhân Thọ thực hiện dự án Tháp Tài chính trên khu đất địa chỉ 220 Trần Duy Hưng, quận Cầu Giấy, Hà Nội. Tới nay, dự án này cũng chưa triển khai.
Ngoài ra, báo cáo cũng lấy ví dụ về việc SCIC góp vốn vào dự án của Công ty cổ phần Tháp truyền hình Việt Nam với số tiền 49,5 tỷ đồng từ năm 2015. Các bên đã trình báo cáo nghiên cứu tiền khả thi dự án lên Chính phủ từ tháng 4/2016 nhưng chưa được xem xét, phê duyệt. Đến năm 2017, SCIC được Thủ tướng chấp thuận chủ trương thoái vốn khỏi dự án.