Ngày 31/8, Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an hoàn tất kết luận điều tra, đề nghị VKSND Tối cao truy tố ông Đinh La Thăng (60 tuổi, cựu bộ trưởng Giao thông vận tải) cùng Nguyễn Hồng Trường (cựu thứ trưởng), Nguyễn Chí Thành (quyền vụ trưởng Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải) về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng tài sản nhà nước gây thất thoát, lãng phí, theo khoản 3 Điều 219 BLHS 2015.
Bị cáo buộc cùng tội danh còn có 4 bị can nguyên là cán bộ Bộ Giao thông Vận tải.
Cũng bị xác định có vai trò chủ mưu cầm đầu, Đinh Ngọc Hệ (49 tuổi, tức Út "Trọc", nguyên phó giám đốc Tổng Công ty Thái Sơn Bộ Quốc Phòng) bị cáo buộc về các tội Lừa đảo chiếm đoạt tài sản; Lợi dụng chức vụ quyền hạn gây ảnh hưởng đối với người khác để trục lợi.
Theo kết quả điều tra, ông Thăng với vai trò là người đứng đầu được giao quản lý tài sản trong đó có quyền thu phí cao tốc TP HCM - Trung Lương tại Bộ GTVT, đã ký văn bản số 7331 đề nghị tìm đối tác để bán quyền thu phí tại dự án này.
Dù nắm rõ các quy định của pháp luật về quản lý tài sản nhà nước và chuyển giao quyền thu phí, nhận thức rõ đây là tài sản đặc thù, có giá trị lớn, cần tìm đối tác có năng lực tài chính để tối ưu hóa việc bán quyền thu phí.
Nhưng tháng 2/2012, sau khi Thủ tướng có văn bản đồng ý chủ trương cho bán quyền thu phí, ông Thăng đã điện thoại cho Dương Tuấn Minh (nguyên Tổng giám đốc Tổng Công ty Đầu tư phát triển và quản lý dự án hạ tầng giao thông Cửu Long) chỉ đạo để Công ty của Đinh Ngọc Hệ (kinh doanh thua lỗ, không có năng lực tài chính) mua được quyền thu phí.
Quá trình tổ chức đấu giá, ông Thăng ký quyết định về việc thành lập Hội đồng bán đấu giá quyền thu phí và Tổ thường trực giúp việc Hội đồng, giao Nguyễn Hồng Trường làm Chủ tịch.
Toàn bộ hoạt động xây dựng hoàn thiện đề án và kết quả bán đấu giá quyền thu phí đường cao tốc TP HCM - Trung Lương được ông Trường báo cáo. Thông qua các tài liệu này, ông Thăng biết việc bán đấu giá không thực hiện đúng quy định của pháp luật, để cho Công ty Yên Khánh của Hệ trúng thầu theo ý định ban đầu của mình.
Cơ quan điều tra cho rằng, ông Thăng biết Công ty Yên Khánh kéo dài, không thanh toán tiền trúng đấu giá như cam kết, vi phạm quy chế bán đấu giá, hợp đồng phải bị chấm đứt trước hạn và trả lại quyền thu phí cho Nhà nước. Tuy nhiên, khi được Dương Minh Tuấn báo cáo, ông Thăng không chỉ đạo chấm dứt trước hạn hợp đồng mà còn yêu cầu "để doanh nghiệp trả từ từ".
Ngoài ra, ông Thăng còn bút phê đề xuất để cho Công ty Yên Khánh làm nhà đầu tư xây dựng bổ sung hai nút giao thông trên tuyến nối Tân Tạo - Chợ Đệm và đề nghị cho công ty này cấn trừ vào tiền phải thanh toán theo hợp đồng mua quyền thu phí dẫn đến Công ty Yên Khánh tiếp tục không thanh toán đúng theo quy định.
Theo cơ quan điều tra, nhờ sự "giúp đỡ" của ông Thăng, Trường... Út "Trọc" đã chiếm đoạt, hưởng lợi tổng cộng 725 tỷ đồng của Nhà nước.
Sai phạm của ông Thăng và loạt cán bộ cấp dưới được Bộ Công an khởi tố hôm 12/8. Đây là vụ án thứ tư ông Đinh La Thăng bị điều tra.
Năm 2018, ông Thăng bị phạt 30 năm tù trong hai vụ án xảy ra tại Tổng Công ty cổ phần Xây lắp Dầu khí Việt Nam, Tập đoàn Dầu khí Việt Nam và Ngân hàng TMCP Đại Dương.
Đầu năm 2020, ông bị đề nghị truy tố trong vụ án chỉ định nhà thầu thực hiện dự án Ethanol Phú Thọ, gây thiệt hại hơn 600 tỷ đồng.