Dự án Nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2 được Thủ tướng giao Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN) làm đầu mối đầu tư từ năm 2008. PVN phê duyệt dự án theo mặt bằng giá quý II/2010 là 31.505,4 tỷ đồng (vốn chủ sở hữu 30%, vay 70%). Dự án do PVN làm chủ đầu tư.
Tổng công ty cổ phần Xây lắp Dầu khí Việt Nam (PVC) được chỉ định làm tổng thầu EPC của dự án. Tháng 5/2011, PVN có quyết định phê duyệt điều chỉnh tổng mức đầu tư dự án lần 1 từ 31.505 tỷ đồng lên 34.295 tỷ đồng và điều chỉnh lần 2 vào tháng 10/2016 lên 41.799 tỷ đồng.
Cả 2 lần điều chỉnh tổng mức đầu tư, PVN đều chưa báo cáo Thủ tướng mà đã thẩm định và quyết định điều chỉnh tổng mức đầu tư là không đúng quy định.
Bên cạnh đó, theo Thanh tra Chính phủ, tuy chưa xác định các điều kiện để được chỉ định gói thầu EPC nhưng PVN đã đề xuất, được Bộ Công Thương đồng ý, trình Thủ tướng xem xét, ủy quyền cho Hội đồng quản trị PVN quyết định việc chỉ định thầu dự án nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2 cho PVC. Trong khi đó, hồ sơ năng lực của PVC chưa đáp ứng hồ sơ yêu cầu để thực hiện gói thầu EPC, nhưng PVN vẫn chỉ định PVC làm tổng thầu EPC. Đến thời điểm được chỉ định thầu, PVC chỉ xây dựng công trình dân dụng, hạ tầng, tuyến ống dẫn khí và thi công một số hạng mục của vài nhà máy nhiệt điện... PVC chưa làm Tổng thầu EPC các dự án lớn tương tự như dự án nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2.
Sau khi ký kết hợp đồng Tổng thầu EPC, PVC đã thực hiện không đúng cam kết là một trong những nguyên nhân chủ yếu dẫn đến dự án chậm tiến độ, phát sinh tăng chi phí, trong đó có chi phí trả lãi tiền vay từ năm 2016 đến 2019 là 81,867 triệu USD.
Thanh tra Chính phủ kết luận trách nhiệm thuộc về PVN, PVC, Bộ Công Thương, các cơ quan, đơn vị và cá nhân trong việc tham mưu, đề xuất, chỉ đạo và quyết định PVC là Tổng thầu dự án nhà máy nhiệt điện Thái Bình 2.
Cơ quan thanh tra kiến nghị Thủ tướng chỉ đạo các bộ, ngành theo thẩm quyền tổ chức kiểm điểm, xử lý trách nhiệm theo quy định pháp luật đối với các cơ quan, đơn vị, tổ chức, cá nhân có những vi phạm, khuyết điểm nêu trên.