Liên quan đến vụ án này, Nguyễn Xuân Bình (58 tuổi, nguyên Chủ tịch Hội đồng thành viên - HĐTV) và Nguyễn Đăng Sơn (36 tuổi, nguyên Giám đốc Công ty Trường Ngân) bị truy tố về tội “lừa đảo chiếm đoạt tài sản”.
Hai bị cáo Bình và Sơn bị đưa ra xét xử tại Toà án Quân đội Quân khu 7. Ngoài ra, 3 cán bộ ngân hàng gồm Phan Công Hiếu (51 tuổi, nguyên Phó Giám đốc), Phan Viết Kỳ (46 tuổi, nguyên Trưởng phòng khách hàng doanh nghiệp) và Trần Thanh Hải (31 tuổi, nguyên cán bộ tín dụng) cũng bị truy tố và đưa ra xét xử về tội “vi phạm quy định về cho vay trong các hoạt động tổ chức tín dụng”.
Theo cáo trạng, Công ty TNHH Trường Ngân (trụ sở chính đặt tại quận 4 và văn phòng đại diện đặt tại quận 1, TP Hồ Chí Minh) được Sở Kế hoạch và Đầu tư cấp giấy phép kinh doanh năm 2005. Công ty hoạt động kinh doanh nhiều ngành nghề, trong đó có mua bán lương thực, thực phẩm, chế biến nông sản...
Từ khi thành lập đến tháng 1-2012, công ty thay đổi đăng ký kinh doanh đến 6 lần. Đến lần thứ sáu thì Nguyễn Xuân Bình đứng tên là Chủ tịch HĐTV và Nguyễn Đăng Sơn là giám đốc và là người đại diện theo pháp luật.
Trong quá trình hoạt động, liên tiếp trong hai năm 2011, 2012, Công ty Trường Ngân có quan hệ tín dụng với 7 ngân hàng để vay vốn kinh doanh hàng hoá cà phê xuất khẩu.
Đến đầu năm 2012, mặc dù hàng hoá cà phê của công ty không còn đủ số lượng để cầm cố, thế chấp đảm bảo dư nợ với 7 ngân hàng nhưng do thua lỗ, cần tiền để trả cho các khoản vay tại các ngân hàng và tiêu xài cá nhân, Nguyễn Xuân Bình đã trực tiếp và chỉ đạo Nguyễn Đăng Sơn tiến hành ký kết các hợp đồng và phụ lục hợp đồng để cầm cố, thế chấp hàng hoá là cà phê, sử dụng hàng hoá đã cầm cố, thế chấp ở ngân hàng này tiếp tục thế chấp ở ngân hàng khác, chỉnh sửa các hợp đồng xuất khẩu cà phê để hợp thức hoá nguồn hàng ra nhằm vay được tiền với cam kết sau khi xuất khẩu hàng sẽ lấy tiền trả nợ.
Đây là vụ án từng gây xôn xao dư luận vào năm 2013, khi cùng lúc có 6 ngân hàng đến kho hàng Công ty Trường Ngân ở phường Tân Đông Hiệp, thị xã Dĩ An (Bình Dương) phản ứng việc Chi cục Thi hành án dân sự thị xã Dĩ An cưỡng chế, kê biên 3.360 tấn cà phê lưu giữ tại kho của công ty để trả nợ cho Ngân hàng TMCP Phương Đông (OCB) chi nhánh quận 4, TP Hồ Chí Minh theo quyết định của TAND quận 4.
Sau đó, 6 ngân hàng này đã làm đơn khiếu nại gửi VKSND TP Hồ Chí Minh, đề nghị kháng nghị quyết định của toà án với lý do số cà phê Công ty Trường Ngân cầm cố vay vốn của OCB có sự trùng lặp với số cà phê mà doanh nghiệp này thế chấp cho các ngân hàng.
Quá trình giải quyết vụ kiện, TAND quận 4 không triệu tập các ngân hàng này, công nhận thỏa thuận giữa Công ty Trường Ngân và OCB, giao OCB có quyền yêu cầu phát mãi đối với toàn bộ tài sản đảm bảo là lô cà phê đang thế chấp tại kho làm ảnh hưởng đến lợi ích hợp pháp của các ngân hàng khác.
Cuối năm 2013, VKSND TP Hồ Chí Minh kháng nghị giám đốc thẩm. Sau đó, TAND TP Hồ Chí Minh giám đốc thẩm tuyên huỷ quyết định thỏa thuận giữa OCB và Công ty Trường Ngân của TAND quận 4, đồng thời Bộ Công an vào cuộc điều tra dấu hiệu lừa đảo của công ty này.