Theo cáo trạng, ngày 9/5/2016, Cục thanh tra, giám sát Ngân hàng TP Hà Nội đã tiến hành thanh tra tổ chức và hoạt động QTDND Đại Đồng giai đoạn từ năm 2008 - 2016. Kết quả thanh tra phát hiện QTDND này bị thiếu hụt số tiền hơn 2,7 tỷ đồng, trong đó thiếu hụt gần 1,4 tỷ đồng so với sổ sách kế toán, còn lại thiếu hụt so với quỹ tiền mặt. Xét thấy có dấu hiệu hình sự, ngày 15/6/2016, Cục thanh tra, giám sát Ngân hàng TP Hà Nội đã có văn bản gửi CQCSĐT (PC46) - Công an TP Hà Nội.
Vào cuộc điều tra, cơ quan chức năng xác định, khoảng tháng 3/2016, Ấm nảy sinh ý định lấy tiền mặt từ kho tiền của Quỹ để sử dụng cá nhân và cho người quen vay lấy lãi. Ấm đã lợi dụng tình hình sau Tết có ít khách hàng đến giao dịch, Quỹ tín dụng không thường xuyên mở kho tiền nên ông ta đã sử dụng chìa khóa dự phòng tự mở kho lấy số tiền gần 1,4 tỷ đồng cho người quen vay lấy lãi và tiêu xài cá nhân hết.
Ngoài hành vi trên, từ năm 2015 - 2016, Kiều Đức Ấm còn nhờ 7 người thân, quen đứng tên làm hồ sơ vay vốn tại Quỹ tín dụng bằng hình thức tín chấp không đúng với quy chế cho vay. Sau đó, Ấm ký duyệt các hồ sơ cho vay tín chấp này và chỉ đạo cấp dưới giải ngân. Theo cáo trạng, những người đứng tên vay đưa lại toàn bộ số tiền được giải ngân cho Kiều Đức Ấm và thỏa thuận ông ta phải có trách nhiệm trả tiền gốc, lãi các khoản vay này. Tổng số tiền 7 người đứng tên vay cho Ấm là hơn 1 tỷ đồng. Số tiền này, ông ta đã sử dụng chi tiêu cá nhân hết.
Ngoài ra, cơ quan điều tra còn xác định Kiều Đức Ấm có hành vi chỉ đạo thuộc cấp làm sai quy định để hợp thức hóa khoản tiền đã chi xây dựng trụ sở làm việc của quỹ. Trong đó Ấm chỉ đạo cấp dưới viết các phiếu chi thể hiện thanh toán tiền xây dựng hơn 452 triệu đồng, gần 1,4 tỷ đồng còn lại được hạch toán “treo” trên sổ sách kế toán. Quá trình điều tra, Kiều Đức Ấm đã khắc phục, trả lại cho quỹ được hơn 147 triệu đồng, số tiền ông ta còn chiếm đoạt của quỹ tín dụng là hơn 2,2 tỷ đồng.